在「破曉起義」后前往地球的夏亞,在那與擁有不可思議力量的少女──拉拉.遜相遇。另一方面,致力推動RX-78開發(fā)計劃的阿姆羅父親──提姆?雷,得到吉翁方面MS開發(fā)計劃的核心人物──米諾夫斯基博士逃亡的消息,因而動身前往月球。在月球表面上的微光區(qū)域,展開人類史上首次的MS死斗戰(zhàn)。時間來到宇宙世紀0079年——。距離地球最遠的宇宙都市SIDE 3,以吉翁公國之名向地球聯(lián)邦政府挑起獨立戰(zhàn)爭。這場戰(zhàn)爭導致人類的總人口數(shù)一半死去,動亂的時代正要開始——。